Habib Muhammad bin Idrus al-Habsyi lahir di kota Khola' Rosyid, Hadramaut, Yaman Selatan pada tahun 1265 H. Sejak kecil beliau diasuh oleh bapa saudaranya iaitu Habib Sholeh bin Muhammad al-Habsyi. Ayah beliau, Imam Arif Billah Habib Idrus bin Muhammad al-Habsyi telah bepergian ke Indonesia untuk berdakwah, dan wafat di kota Cirebon serta dimakamkan disana. Sedangkan ibu beliau adalah Syeikhah Sulumah binti Salim bin Sa'ad bin Smeer. Pada masa mudanya, Habib Muhammad bin Idrus al-Habsyi telah menuntut ilmu agama yang cukup mendalam, menguasai dan memahaminya. Berbagai ilmu agama yang beliau dapatkan dari ulama masa itu diantaranya ilmu tafsir, hadits dan fiqih. Para ulama dan orang-orang sholeh saat itu telah menyaksikan ketaqwaan dan kedudukan beliau sebagai ulama yang 'aamil (mengamalkan ilmunya). Salah seorang ulama yaitu Imam Qutub Habib Ali bin Muhammad al-Habsyi telah mengutarakan dalam surat-menyurat beliau yang artinya kurang lebih demikian, "Sesungguhnya orang-orang bepergian ke Indonesia untuk bekerja dan mencari harta keduniaan, tetapi sesungguhnya putra kami Muhammad bin Idrus al-Habsyi bekerja dalam dakwah Islamiyyah untuk mencapai ash-Shiddiqiyyah al-Kubro (tingkatan tertinggi di kalangan Wali Allah)." Kemudian beliau pergi haji ke Mekkah dan berziarah ke Madinah kepada datuknya Baginda Nabi Muhammad SAW. Kemudian beliau menuntut ilmu dari ulama-ulama Haromain (Mekkah-Madinah), diantaranya ulama yang terkenal di Mekkah yaitu Imam Habib Husain bin Muhammad al-Habsyi. Akhlak dan budi pekerti beliau sangatlah baik, mulia keturunannya, murah tangan dan kasih sayang, apa-apa yang Allah berikan kepadanya tidak segan-segan diberikan kepada siapa saja yang mendatangi beliau. Daripada kebaikan akhlak beliau, setiap orang yang duduk disampingnya akan mengetahui bahwa dirinyalah yang paling dicintai, dan memilihnya sebagai sahabat karib, yang mana dapat dilihat dari senyum mukanya, lemah lembut tutur katanya dan sambutannya yang sangat baik. Inilah akhlak perangai beliau, sebagaimana meneladani perangai datuknya, Nabi Muhammad SAW. Anak-anak yatim yang dipelihara oleh beliau, mereka menilai bahwa beliau lebih baik dari ayah-ayah mereka, karena beliau menyamakan anak-anak yatim itu dengan anak-anaknya sendiri, di dalam memberikan pakaian, makanan, minuman dan tempat tidur. Apabila anak-anak yatim itu telah besar, beliau mengurus perkawinan mereka dan memberikan apa-apa yang mereka perlukan. Tidak mengherankan beliau adalah ayah dari anak-anak yatim dan miskin. Beliau sangat dicintai oleh masyarakat umum maupun khusus, diantara amal beliau yaitu mendamaikan dua belah pihak yang bertengkar dan salah faham, sehingga terjadi perbaikan, walaupun masalahnya besar dan sulit, dapat pula beliau selesaikan dengan baik. Dari sebagian amal jariyah beliau, ialah pembangunan masjid di Purwakarta, masjid Raudhoh di Jombang, dan lainnya. Beliau juga sebagai perintis pertama pengadaan haul-haul para wali Allah dan sholihin dari hamba-hamba Allah. Untuk pertama kalinya beliau mengadakan haul Imam Habib Muhammad bin Thohir al-Haddad yang terkenal di kota Tegal. Berziarah ke tempat bersejarah para auliya dan sholihin banyak dilakukan oleh beliau, yang diikuti pula oleh khalayak ramai. Beginilah keadaan beliau semasa hidupnya selalu taat dan takwa kepada Allah, memberi manfaat kepada hamba-hamba Allah, memanfaatkan waktu dan umurnya serta menbelanjakan hartanya di jalan Allah, hingga akhir hayatnya memenuhi panggilan Allah untuk kembali ke alam baqa pada pertengahan malam Rabu, 12 Rabi'uts Tsani 1337 H di kota Surabaya dan dimakamkan pada waktu ashar hari Rabu setelah disholatkan oleh Habib Muhammad bin Ahmad al-Muhdhor. Demikianlah ringkasan dari riwayat hidup beliau, semoga kita semua mendapatkan manfaatnya. Radhiyallohu anhu wa ardhah....... al-Fatihah.
Dirangkum dari Manaqib Al-Habib Al-Imam Al-'Arif Billah Al-Qutub Muhammad bin Idrus Alhabsyi]